El museo está dividido en diferentes salas que se pueden visitar haciendo un recorrido cronológico o bien independientemente.

1. Geografía. La característica más destacada de la Geografía de Las Encartaciones es la irregularidad de su relieve. Una larga historia geológica ha dado lugar a un paisaje abrupto, en el que se alternan pendientes que alcanzan cotas muy elevadas y ríos que circulan sinuosamente entre ellas a través de valles estrechos.

2-3. Prehistoria. En las primeras fases de la Prehistoria el hombre vivía en cuevas y obtenía sus alimentos de la naturaleza mediante la recopilación, la pesca y la caza. Para ello se servía de útiles tallados en piedra y hueso. Sus sugestivas creaciones artísticas son, en realidad, representaciones simbólicas de carácter religioso.

Más adelante el clima mejoró sensiblemente, lo que permitió al hombre vivir en poblados al aire libre. Al mismo tiempo se produjo una verdadera revolución económica: se desarrolló la ganadería y quizás la agricultura, y se difundieron la cerámica, la piedra pulimentada y, finalmente, el uso de los metales.

4. Romanización. La Romanización de Las Encartaciones parece haber sido más intensa que la de otras comarcas vizcaínas. A ello debió contribuir tanto la proximidad de la colonia romana de Castro Urdiales, que comunicaba con la meseta castellana mediante una calzada que atravesaba Las Encartaciones, como el interés del Imperio por la extracción de hierro del monte Triano.

5. Alta Edad Media. Durante la Alta Edad Media Las Encartaciones conocieron, de la mano de pautas culturales llegadas de áreas más meridionales, un intenso proceso de renovación. La asimilación de los nuevos modelos se reflejó en la difusión de formas artísticas ajenas a la comarca, como el prerrománico y el románico.

6. Fundación de villas. La Fundación de villas o burgos culminó este proceso de transformaciones. Núcleos urbanos con una característica organización en calles paralelas, contrastaban con el poblamiento disperso del mundo rural. Sus habitantes, dedicados a la artesanía y el comercio, gozaban de ciertos privilegios comerciales, fiscales y jurídicos.

7. Baja Edad Media. La Baja Edad Media fue un período de crisis. Los nobles trataron de superar sus dificultades económicas mediante la violencia. Agrupados en dos bandos, oñacinos y gambóinos, trataban de arrebatarse mutuamente sus fuentes de riqueza. Una de las principales familias banderizas fue la de los Muñatones-Salazar, cabeza del bando oñacino en Las Encartaciones.

8. Instituciones. Las Encartaciones contaban con sus propias Instituciones. La Junta General de Abellaneda aplicaba el Fuero de Las Encartaciones en los casos de interés general. Los temas locales eran decididos por los concejos, valles o municipios. Por fin, para los asuntos comunes con el resto del Señorío de Bizkaia se acudía a la Junta General de Gernika.

9-10. Antiguo Régimen. Durante el Antiguo Régimen la base económica fundamental era la agricultura, centrada en el trigo y, sobre todo, en el maíz y la vid. Complementaban estas actividades la siderurgia tradicional y, en las villas, la artesanía y el comercio.

La sociedad estaba dirigida por los nobles, propietarios de buena parte de las tierras y casas, así como de la práctica totalidad de las ferrerías y molinos. Pero la mayoría de los hombres de la comarca eran simples campesinos con una muy variada situación económica que oscilaba entre los que poseían un par de caseríos y los que no contaban con más riqueza que sus brazos.